Apare atunci cand tiroida copilului nu este în măsură să producă cantitățile potrivite de hormoni tiroidieni, care poate deteriora și provoca chiar leziuni neurologice permanente, numita cretinism, în cazul în care copilul nu este tratată corect . Hipotiroidismul congenital nu are nici un tratament , dar dacă diagnosticul și tratamentul sunt efectuate cât mai curând posibil, copilul are o creștere și o dezvoltare normală.