RMN-ul poate fi utilizat pentru a diagnostica boli, cum ar fi mai specifice leziuni spina bifida si creier ascunse, de exemplu, și, prin urmare, este utilizat pe scară largă pentru a înlocui alte teste de diagnostic mai simple, cum ar fi ultrasunete sau cu raze x cu toate acestea, imagistica prin rezonanta magnetica, deși se pare mai complicat și are nevoie de mai mult de pregătire, prezintă un risc minim pentru copil, deoarece este o fara dureri de examinare, care nu are nevoie să fie făcut sub anestezie generală și este folosit doar un singur ușor sedativ la copiii sub 4 ani pentru a adormi și pentru a face experiența mai plăcută vel.