Gluten intoleranta provoaca simptome intestinale, cum ar fi gaze în exces, dureri de stomac, diaree sau constipație, dar aceste semne apar, de asemenea, în diferite boli, adesea intoleranta merge nediagnosticată. În plus, atunci când intoleranța este severă, aceasta poate provoca boala celiacă, ceea ce determină simptome mai puternice și mai frecvente de durere abdominală și diaree.